Eesti Mõisakoolide Ühenduse eesmärk on ühendada erinevaid mõisakoole ja mõisakoole omavaid omavalitsusi ning edendada nendevahelist koostööd mõisakoolide arendamisel kaasaegse õpikeskkonnaga haridusasutusteks ja kogukonna külastuskeskusteks.
Eesmärgi saavutamiseks algatab, korraldab ja toetab ühendus projekte ning tegevusi mõisakoolide jätkusuutlikkuse tagamiseks haridus-, kultuuri-, ja turismikeskustena ning aitab kaasa mõisakoolide ühtekoondamisele, koostöö arendamisele ja kogemuste vahetamisele.
Samuti aitab Eesti Mõisakoolide Ühendus kaasa kultuuri järjepidevuse hoidmisele ning selle sidumisele eesti rahvuskultuuri, kohaliku sotsiaalse majandusliku arengu, rahva ajaloomälu säilitamisele ja tugevdamisele ning kogub, korraldab, kirjastab ja levitab muinsuskaitsealast teavet mõisakoolide kohta.
Ühenduse eesmärkide hulka kuulub ka täiendavate rahastusallikate leidmine mõisakoolide hoonete ja parkide korrastamiseks, et toetada kogukonna jätkusuutlikku arengut ja koostööd.