Ботанический сад находится в восточной части Таллинна, в 10 км от центра города и в 3 км от Пиритаского парусного центра и зоны летнего отдыха. Территория ботанического сада расположена по обе стороны реки Пирита и ограничена обширной зоной соснового леса. Неподалеку находится  кладбище Metsakalmistu (Лесное), где похоронены известные политики и деятели культуры Эстонии. С ботаническим садом соседствует Таллиннская телебашня.
Как добраться

На общественном транспорте

Автобусы 34A и 38 отправляются из автобусного терминала в Viru keskus. Остановка Клоостриметса. Из района Ласнамяэ можно доехать на автобусе 49.

Ботанический сад находится на пути следования экскурсионного маршрута Hop On Hop Off Tallinn City Tour (зеленая линия).

На машине

Из центра города по Нарвскому шоссе, затем в сторону Пирита до развалин монастыря св Биргитты, где следует повернуть направо на Клоостриметса теэ.

На велосипеде

Из центра города по велосипедной дорожке вдоль набережной Пирита до развалин монастыря св. Биргитты. Далее повернуть направо на Клоостриметса теэ. Учтите, что передвигаться на велосипедах по территоррии ботанического сада запрещено! Велосипеды можно оставить на парковке около Bopom.