Предшественницей церкви Марии была небольшая церковь Святого Михаила.  Как и когда возникла на этом месте новая церковь, сейчас уже никто не может сказать. По имеющимся данным, башня была построена в 1860 году, а в 1890 годах построили уже новое здание, к которому была пристроена ризница. Церковь связана с государственным флагом Эстонии, потому что в здании пастората церкви 4 июня 1884 г. был освящен сине-черно-белый флаг Эстонского студенческого общества, который впоследствии стал эстонским национальным флагом, а с 1991 г. – государственным флагом Эстонии.